机构设置
办公室
负责拟订并组织实施机关政务管理制度和工作规范；负责综合协调、综合调研、督查督办、公文管理、文字综合、会议管理、政务信息、新闻宣传、网站管理、信息公开、信访稳定、档案管理、烟草志书、保密管理、机要管理、应急管理、值班管理、扶贫捐赠、外事管理和接待服务等工作。
综合计划处
负责拟订全市系统发展战略和规划；拟订烟草专卖品产供销计划；负责投资项目管理和审查工作，组织编制固定资产投资规划；负责烟草专卖品价格管理工作；负责经济运行分析、监测和调控工作；负责推进精益管理和质量管理体系建设，承担对标、QC等企业基础管理工作；负责招标投标管理、节能减排管理、专项修缮管理等工作；负责制订全市系统科技发展规划；负责创新体系政策、载体、制度和环境保障，以及创新能力考核工作；负责科技项目、科技成果和标准化监督管理工作。
管理处
监督检查辖区烟草专卖法律法规及规章的执行情况，制订实施辖区专卖管理监督制度；组织指导涉烟违法违规大要案件查处，打击假冒伪劣、走私烟草专卖品等违法行为；承担烟草专卖许可证、准运证的核发及其监督、管理工作；在授权范围内承担卷烟产品质量监督检验工作。
内部监督处
监督检查辖区行业内部生产经营企业遵守烟草专卖法律法规及行业规范的情况，制订实施辖区内部专卖管理监督制度；组织协调内部专卖管理监督工作，负责对行业内部生产经营企业的日常监管及违反烟草专卖法律法规生产经营问题的查处。
改革处
负责拟订和组织实施全市系统体制改革方案；承担所属企业设立、分立、合并、撤销、更名等的审核、报批工作；负责重要决策、规范性文件、规章制度及各类合同法律审查、法律咨询和服务工作；承办相关行政复议，处理诉讼仲裁等法律纠纷；承担法律培训、普法宣传教育和企业法务工作。
财务管理处
提出全市系统有关经济政策建议；负责拟订并组织实施全市系统财务管理、预算管理、资产经营管理、会计核算的制度、办法，管理监督财务资金；负责预算管理改革，承担费用定额标准体系建设；组织实施国有资产保值增值考核；负责市局（公司）机关会计核算和税务管理。
审计处
负责拟订全市系统内部审计工作规定、办法和实施意见，组织实施内部审计监督；督促检查被审计单位的审计整改落实工作；指导、协调、检查和考核审计派驻机构的工作；落实上级审计指令。
人事处
负责拟订全市系统人力资源发展规划；承担省级以下烟草专卖局的设立、撤销、合并、更名等的报批工作；负责干部调配、考察和监督；负责机构编制、干部人事、人才队伍、劳动工资、保险福利等工作；指导全市系统教育培训工作，负责机关干部教育培训。
特有职业（工种）职业技能鉴定站负责全市系统特有职业（工种）职业技能鉴定管理工作；组织职业技能竞赛工作。
特有职业（工种）职业技能鉴定站与人事处合署办公。
党建工作处
负责拟订全市系统党建工作规划、意见；组织和指导全市系统党的建设、思想政治建设、精神文明建设、文化建设等工作；负责党建工作述职、评议、检查、考核；负责全市系统职工思想政治工作研究会的日常工作。
机关党委办公室负责市局（公司）机关党的委员会日常工作和党的纪律检查工作。
机关党委办公室与党建工作处合署办公。
纪检监察处
负责党内监督和行政效能督查；履行监督责任，协助党组加强党风廉政建设和组织协调反腐败工作；督促检查相关部门落实惩治和预防腐败工作任务；强化执纪问责，受理对党员干部的检举、控告，查处违规违纪问题，受理不服纪律处分的申诉。
党组巡察工作领导小组办公室负责巡察工作领导小组的日常工作。
党组巡察工作领导小组办公室与纪检监察处合署办公。
安全管理处
贯彻执行国家安全生产方针、政策和法律、法规、标准以及行业安全生产工作要求；组织、协调、监督、检查和报告全市系统消防安全、生产安全、交通安全、职业健康和内部治安等安全生产管理工作；依法协调处理生产安全事故；承担安全生产委员会的日常工作。
离退休人员
负责拟订全市系统离退休人员工作制度，贯彻落实国家局有关工作要求；组织开展工作人员业务培训；负责离退休干部统计工作；负责机关离退休人员活动经费的申请、管理和使用；负责机关离退休人员的政治学习、文体活动和服务工作。
机关服务中心
负责机关后勤服务、安全保卫、物业管理、车辆管理、物资采购等相关工作。
信息中心
负责拟订并组织实施全市系统信息化规划、管理制度和标准；负责全市系统统计管理工作；负责信息化项目的建设和管理，推动互联网创新成果与行业生产经营管理深度融合；负责网络和信息安全工作；负责信息系统运行维护管理工作；负责信息化资产管理工作。
群团工作处
负责全市系统群团组织建设，指导各级群团组织开展工作；贯彻执行中央和行业有关群团工作的政策和规定，维护职工的合法权益，参与有关职工利益的法律、法规和规章的制定；通过职代会开展办事公开、民主管理的监督工作；组织开展形式多样的劳动竞赛、文化体育活动；协助做好烟草行业全国劳模、“五一”劳动奖状等荣誉称号的推荐和日常管理工作；组织开展团委、妇工委、工会日常工作。
与烟草学会合署办公，负责组织全市系统烟草学术年会、学术研究、学术交流工作。
规范管理
规范管理办公室为议事协调机构。制订和组织实施全市系统规范管理工作计划，统筹推进各领域的规范管理工作；落实行业规范管理制度，制定规范管理运作规则和配套办法；协调组织全市系统办事公开、民主管理工作；督办督查规范管理工作贯彻落实情况。
营销中心
负责拟订并组织实施全市系统卷烟营销规划，承担卷烟营销市场化取向改革；组织、指导、监管、检查全市系统卷烟营销、品牌培育和卷烟营销网络建设工作；负责全市系统卷烟市场信息监测及分析工作；监督和检查卷烟价格执行情况。
物流中心
负责拟订全市系统物流建设规划；组织实施区域物流建设；组织实施物流配送中心项目审查与建设；负责实施物流非法人实体化运行管理工作；推广行业物流标准；组织协调、实施工商一体化物流对接。
