管理机构
管理机构为水利部淮河水利委员会，是水利部排除的流域机构，代表水利部在淮河流域和山东半岛区域内行使水行政主管职责，为具有行政职能的事业单位，驻地在安徽省蚌埠市。机关内设机构：办公室、规划计划处、水政水资源处、财务经济处、人事劳动教育处、建设与管理处、水土保持处、防汛抗旱办公室、监察处、审计处、离退休职工管理处等职能机构。除上述单位外，还设有淮河流域水资源保护局、沂沭泗水管理局、治淮工程建设管理局、水文局等事业单位。
管理规章
国家先后制定了《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国防洪法》、《中华人民共和国水土保持法》和《中华人民共和国河道管理条例》、《水库大坝安全管理条例》、《淮河流域水污染防治暂行条例》等法律、法规，淮河流域各省人大常委会或省人民政府也相应制定了地方有关配套法规，是淮河管理的法律依据。
在洪水调度方面，1985年国务院批准水利电力部《关于黄河、长江、淮河、永定河防御特大洪水方案》，规定了淮河遇到特大洪水应采取的措施。1994年国家防汛抗旱总指挥部批准的《沂沭泗流域防洪水调度方案（暂行）》，1999年国家防汛抗旱总指挥部批准的《淮河洪水调度方案》，对沂沭泗河和淮河干流的行蓄（滞）洪区和枢纽建筑物的洪水洪水调度作了明确规定。流域内各省人民政府或防汛抗旱指挥部门也按职责制定了有关防洪工程的调度方案。
在流域管理方面，淮河水利委员会陆续制定了《淮河流域省际边界水事协调工作规约》、《淮河流域水环境监测管理办法》及河道管理范围内建设项目审查、取水许可管理、治淮工程建设管理等有关规定。流域各省各级水行政主管部门也制定了一系列有关淮河管理规章和规范性文件。
管理内容
① 防洪管理 20世纪50年代侧重于水库、堤防和枢纽工程的管理。60年代河道阻水障碍增加，行洪能力降低。70年代和80年代重视河道清障和行蓄洪区的管理。为改变行洪区、蓄洪区的面貌，保证行洪区通畅、蓄洪及时，提出对这些地区实行特殊政策。安徽蚌埠以上行洪、蓄洪彼岸准较低的堤防，除加速修建群众居住庄台，解决行蓄洪时的安全问题外，安徽省人民政府于1983年规定正阳关以上5个行洪区和濛洼蓄洪区实行粮食免征免购，减轻群众负担。1985年开始在行洪区、蓄洪区试行生产结构调整，从单纯的种植业转变为多种经营，因地制宜地发展养殖业、加工业和第三产业，并控制人口增长和试行防洪保险和防洪基金等。90年代，根据治淮规划废除了部分低标准行洪区，并进一步加大了淮河流域行蓄洪区安全设施建设的投入。随着《中华人民共和国防汛条例》、《防洪法》的颁布实施，流域内防洪管理已逐步走上法制化轨道。
从20世纪80年代起，开始实施淮河流域防洪调度自动化系统建设，陆续建成以微波通信、移动通信和卫星通信为支撑的流域骨干防汛通讯系统。利用防汛通信网和公共通信网，构成了连接域内重要水利工程和主要防汛机构的计算机广域网。建立了气象信息接受处理系统、行蓄洪区通信报警系统和正阳关以上的流域水文自动测报系统，90年代又建立了远程图像实时监控系统和防汛异地会商系统。
② 水资源管理 淮河流域多年平均径流量621亿m³，时空分布不均，年纪变差很大，南丰北枯，水源不足。20世纪50年代开始引黄灌溉，60年代开始引长江水，经京杭运河送到江苏扬州、淮安、徐州、连云港等市，为苏北地区工农业和城市生活供水，随着工农业和城市建设的发展，供需水矛盾日益突出。
淮河水利委员会和流域内各级水行政主管部门依据《水法》对水资源实行分级管理。沂沭泗管理局对南四湖和沂沭泗河的枢纽供水进行统一管理、协调和调度，其余供水工程均由其所在各省管理和调度。如遇特殊情况需要跨省调水时，由淮河水利委员会进行协调、调度。为加强水资源管理，淮河水利委员会组织进行了流域内水资源评价和水中长期供求计划工作；定期发布《淮河流域水资源公报》；流域内实施了水资源有偿使用制度。1994年国务院水行政主管部门明确了淮河水利委员会与各省水行政主管部门取水许可管理的分工，流域内各省也相继制定了取水许可制度实施管理细则，全面实施了取水许可制度。
淮河流域水污染始于20世纪70年代后期，进入80年代，随着经济发展和城市化进程的加快，淮河流域水体污染日趋加重。1994年国务院环境保护委员会召开了第1次淮河流域环境保护执行法现场会，提出淮河水体变清的目标和任务；国务院批准成立了淮河流域水资源保护领导小组，负责协调解决淮河流域水资源保护和水污染防治的重大问题。1995年8月，国务院颁布了中国第1个流域性水污染防治法规——《淮河流域水污染防治规划及“九五”计划》。国家对淮河流域实行水污染物排放总量控制制度，河南、安徽、江苏、山东4省地方各级人民政府都制定了相应的排污总量控制计划，并纳入本行政区域的国民经济和社会发展“九五”计划。淮河水利委员会通过定期监测省界河道的水质，对各省的出境水质进行监督管理；通过监测流域内城镇入河排污量，对各省水污染排放总量控制情况进行检查和评价；组织开展淮河、沙颍河水污染联防，对水量、水质实行科学调度；进行主要河道、湖泊、水库的水质动态监测，发布水质公报。
③工程管理 淮河流域水工程的管理实行流域机构统一管理和各省分级管理相结合体制。沂沭泗管理局统一管理沂沭泗水系沂河、沭河、分沂入沭河道、邳苍分洪道、南四湖、韩庄运河、宿迁以上中运河、骆马湖和新沂河等河道、湖泊和枢纽建筑物；石漫滩水库由淮河水利委员会和河南省水利厅共同管理；响洪甸、梅山、佛子岭、磨子潭4座大型水库建成后由安徽省电力部门管理，从2002年起移交安徽省水利厅管理；流域内其余的工程由所在省、市、县分级管理。省属管理机构有：河南白龟山水库管理局、沙颍河管理局、豫东水利工程管理局、淠史杭灌区管理局、上桥枢纽管理处、江苏三河闸管理处、江都水利工程管理处，淮沭新河管理处、苏北灌溉总渠管理处、骆运水利工程管理处，山东淮河工程管理局等。京杭运河兼有防洪排涝、输水和航运等综合效用，航运和船闸由交通部门管理，其余由水利部门管理。
④ 为加强工程管理，20世纪50年代淮河水利委员会即制定了淮河流域河道堤防、涵闸管理及岁修、养护等有关工程管理的规程、规章。各工程管理单位都陆续建立了一系列完整的管理规章制度。在河道管理方面推行了河道目标管理，建立了河道管理范围内建设项目审查制度。在加固堤方面，采取在堤防背河侧填塘、加戗或做减压井；在临河侧堤前做粘土铺盖活在堤身做粘土斜墙隔渗；在堤身机械锥探，压力灌浆等措施，广泛运用土工织物、塑料薄膜等材料处理河道险工隐患。在水闸管理方面，创造了水工钢闸门喷锌保护、应用太阳能电池防腐、气压沉柜水下混凝土检查修补、混凝土表面碳化处理、水泵大轴喷镀技术等。流域内大型水库上游大都建立了雨量遥测系统，白龟山、宿鸭湖、石梁河、鲇鱼山、石漫滩等水库还建立了水库调度自动化系统。
