关于PAUP*
PAUP*：Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods)
，包含了众多分子进化模型和方法，可利用最大似然法、简约法、距离法等分析分子数据（DNA、蛋白质序列）、形态学数据及其他类型的数据（如行为学数据）。
该软件主要用于进化生物学研究，也可用于保护生物学、生态学和法医学研究。截至目前，PAUP是应用最广泛的系统发育分析软件。
开发者
David L. Swofford
Professor
Department of Biological Science,
Florida State University,
Tallahassee, FL 32306
开发史
截至2008.12月，最新版本为：4.0 Beta 10。
该软件最初的版本叫PAUP（Phylogenetic Analysis Using Parsimony），主要是应用简约法进行系统发育分析。
Swofford, D.L. 1991. PAUP: Phylogenetic Analysis Using Parsimony, Macintosh Version3.0r, Computer program.
2001年，Swofford 教授推出整合了最大似然法（maximum likelihood）和距离法（distance-based methods）的PAUP* 4.0；并于2002年推出光盘版的4.0 Beta。
Swofford, D. L. 2001. PAUP* . Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Version 4. Sinauer Associates, Sunderland, Massachusetts.
Swofford, D.L. 2002. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other Methods). Sinauer Associates, Sunderland MA. (Program)
Nexus文件格式
PAUP*软件要求输入的数据文件为NEXUS文件，有其特定的格式要求，要注意的包括：#的使用、分号的使用、数据类型的界定、end的使用等。示例如下：
#nexus
begin data;
dimensions ntax=4 nchar=60;
format datatype=dna interleave=yes gap=- missing=?;
matrix
A11 ATGGCATATCCCATACAACTAGGATTCCAAGATGCAACATCACCAATCATAGAAGAACTA
A22 ATGGCACACCCAACGCAACTAGGTTTCAAGGACGCGGCCATACCCGTTATAGAGGAACTT
A33 ATGGCCAACCACTCCCAACTAGGCTTTCAAGACGCCTCATCCCCCATCATAGAAGAGCTC
A44 ATGGCACATGCAGCGCAAGTAGGTCTACAAGACGCTACTTCCCCTATCATAGAAGAGCTT
;
end;
运行环境
PAUP*可以在Macintosh、Windows、UNIX / VMS、DOS环境下运行。
Windows系统要求：
Windows 95、98、ME、NT、2000、XP、Vista.
最少4 M RAM（分析大的数据集需要更多的存储空间）
最少2 M 硬盘空间
