博物馆设有三个展厅,一个固定展馆,一个临时展厅,一个固定科普长廊,总面积约580平方米,三个展厅成为学校进行科普教育的重要基地。此外,本馆有馆藏标本170余件,馆藏展品(精品雨花石)330件。学生实验用雨花石200余件,各类雨花石出版物83种,700余件,是南京地区几十个石类展馆馆藏品最多的博物馆。