机构设置
中心办公室
中心党委办公室
组织人事部
应急办公室
高新区分中心
南部山区分中心
审计科
传染病防制所
免疫预防所
艾滋病防制所
结核病防治所
消毒技术指导中心
慢性非传染性疾病防制所
环境健康所
职业健康所(职业病检查质控中心)
食源性疾病和食品安全风险监测所
学校卫生监测所
细菌性疾病检验所
病毒性疾病检验所
理化检验所
质量管理部
信息部
科研教育部
监察室
离退休人员管理科
财审部
药剂设备管理部
总务科
安全保卫科
妇委会
团委
病媒生物防制所
地方病防制所
放射卫生所
健康知识传播中心（健康教育所）
公共卫生所
工会
荣誉与成绩
先后获得了“全国卫生系统先进集体”、“全国抗震救灾医药卫生先进集体”、“全国艾滋病防治工作先进集体”、“全国职工书屋”、“全国科普教育基地”、“全国巾帼文明岗”、“全国新疆脊灰防控工作先进单位”及“山东省富民兴鲁劳动奖状”等176项荣誉称号，连续十三年保持省级文明单位荣誉，连续十六年获济南市卫生系统工作目标考核标兵单位。
资质建设
先后取得国家实验室认可（CNAS）、亚太区麻疹网络实验室、国家病原菌分子分型监测网络实验室（PulseNet China）、国家安监总局职业卫生技术服务机构甲级资质、全国流感监测网络实验室、农药登记药效卫生杀虫剂鉴定定点实验室、国家食品安全风险监测山东中心济南分中心、山东省计量认证实验室等14类专业资质；国家实验室认可（CNAS）：8个领域共242项；食品检验资质34个产品及211个产品2990个参数、计量认证80个产品及41个产品（项目）1056个参数通过认证。
业务建设
建立并完善了发热呼吸道症候群（SARI）、腹泻症候群、发热伴出疹症候群、发热伴出血症候群和脑炎脑膜炎症候群等五大症候群监测体系，济南市霍乱、艾滋病、麻疹、病毒性肝炎、手足口病、出血热等重点传染病得到有效防控，无甲、乙类重大传染病暴发流行。艾滋病防治“小阮在线”、“小阮热线”咨询平台成为全国知名服务品牌。在全省率先实现了医防结合，社会协同，规范了艾滋病抗病毒治疗工作。建立了HIV/AIDS群体的心理干预救助模式，充分发挥社会组织作用，MSM人群干预工作取得了比较理想的效果。扩大国家免疫规划实现“14苗防15病”，免疫预防针对疾病发病率降至历史最低水平。累计建成数字化预防接种门诊157家，建设规模和质量位居全省首位。与世界卫生组织、美国疾控中心、国家疾控中心、军事医学科学院、北京大学和山东大学等开展合作研究近20项，其中包括“十一五”、“十二五”国家科技重大专项1项、国家自然科学基金项目5项。进一步完善全市结核病防治的体系建设，初步形成了疾控中心—结核病定点医疗机构—基层医疗卫生机构“三位一体”结核病新型服务体系。依托继续医学教育项目，大力开展结核病诊断治疗与规范化管理、学校结核病防控、基本公共卫生肺结核患者健康管理等培训。将“3.24世界防治结核病日”宣传与日常宣传相结合，开展了丰富多彩的健康教育与健康促进活动。
