在农田上搞建筑，合同已经过期了，还属于违法建筑吗？应该怎么办？

只要是未经审批，实际用途与审批用途不符的建筑都是违法建筑，跟在什么所有权性质上的土地没有关系。

你的理解是错误的。

农村集体土地的承包合同中都明确写明承包土地不能随意改变土地用途。

《土地管理法》中明确规定国家对土地施行土地用途管制。任何改变土地用途的行为，特别是进行建设的行为都需要经过审批。

《城乡规划法》第九条 任何单位和个人都应当遵守经依法批准并公布的城乡规划，服从规划管理，并有权就涉及其利害关系的建设活动是否符合规划的要求向城乡规划主管部门查询。

《农村土地承包法》第八条 未经依法批准不得将承包地用于非农建设

基本农田，本来就不允许修建筑，所以即使合同期限内，也是违法的。