两个房本，一套房，现重新测绘，但是有贷款，测绘完毕五年后再去换成一个房产证可以吗？

有点不清楚你说的是什么意思，不过，现在已经不是房本了，也不叫房产证了，叫不动产权证明。

一套房子，不管有没有贷款，抵押，产权证都有的，只不过有没有抵押的问题，如果有贷款肯定就️抵押，因为你的贷款是以你这套房子作为抵押来的。以前期房是抵押的他项权证，现房抵押房产证，现在都是抵押不动产权证。

你的房子做了测绘，数据关联后，办不办证都是你的，没有人动的了，只要你不需要，证什么时候办都可以。